2016年4月，经福州大学学术委员会批准，福州大学轨道交通研究院正式成立，由闽江学者陈德旺教授担任院长。研究院在我国高速铁路、城市轨道交通和智能交通快速发展的背景下，以提升交通系统的安全性、运行效率和节能为总目标，创立了四个研究所：高铁大数据研究所，地铁运行控制研究所，城市智能交通研究所，大数据与机器学习研究所。此外研究院还与中科院自动化所复杂系统管理与控制国家重点实验室联合成立了平行控制和智能交通联合实验室。
研究院目前已形成了一支具有交叉学科优势、结构合理、积极进步、团结协作、勇于创新的科研团队，具备了应用基础理论研究和核心技术创新的能力。一批中青年学术骨干先后成为国家863计划课题以及国家自然科学基金项目负责人，在国内外轨道交通大数据、最优化、机器学习等领域具有重要影响。研究院现有人员约40人，其中闽江学者特聘教授1名，旗山学者1名，博士生导师2名，专职研究人员10人，管理人员3人，在读博硕研究生20余人。
近5年来研究院承担了大批重要科研任务，涉及基础研究、技术创新和试验研究等多个方面。共承担30多项各类科研开发项目，经费累计约1000余万元。在交通大数据研究、嵌入式系统开发和新型机器学习算法等领域产生了一系列成果，获得省部级以上奖励6项，其它各类奖项10多项，在国内外刊物上共发表学术论文100余篇，其中SCI检索论文50余篇，EI检索论文60余篇，出版专著3部，国家发明专利4项，软件著作权6项。